De Asus WS X299 Pro is gebaseerd op de Intel X299 chipset en ondersteunt Intel processoren voor socket 2066. Het hoofdgeheugen van de WS X299 Pro kan worden opgewaardeerd tot maximaal 128 GB DDR4 via acht geheugenbanken en ondersteunt quad-channel. Andere kenmerken zijn vier PCIe 3.0 x16 slots en één PCIe 3.0 slot. Verder heeft de WS X299 Pro twee Gigabit LAN-poorten, zes SATA3-poorten, twee M.2-poorten, één U.2-poort, vier USB 3.0-A, één USB 3.1-A en één USB 3.1 Type-C interface.